Im Jahr 2032 haben industriell gefertigte Körperteile sowie komplette Roboterserien das verletzliche Fleisch und die begrenzte Belastungsfähigkeit der humanen Zellen abgelöst. Dies ist die Welt in der "Sektion 9", eine Spezialeinheit des japanischen Innenministeriums, gegen den Cyber-Terrorismus kämpft. Batou, dessen Partnerin Major Kusanagi vor drei Jahren ihren physischen Körper verloren hat und nur noch als "Geist" existiert, wird gemeinsam mit seinem neuen Partner Togusa auf eine mysteriöse Mordserie angesetzt. Ein weibliches Cyborg-Modell, spezialisiert auf die Befriedigung triebgesteuerter Liebesbedürfnisse, tötet scheinbar wahllos seine Besitzer um anschließend Selbstmord zu begehen. Im Laufe ihrer Ermittlungen werden die beiden Agenten mit eiskalten Yakuza-Mitgliedern, skrupellosen Schwarzmarkthändlern, zwielichtigen Regierungsmitgliedern und einem morbiden Computerhacker konfrontiert, bevor sie schließlich auf die abscheuliche Wahrheit hinter den Verbrechen stoßen...